「全通研」の組織は次の通りです。全国を7地区(東北・北海道、関東、中部、近畿、中国、四国、九州)に分け、それぞれに地区高等学校通信制教育研究会(略称「○○地区通研」という)を置いており、各地区通研はそれぞれ特色ある研究活動を行っています。
全通研への加盟は、実施校単位で各地区通研へ加入し、地区通研からの推薦を受け、理事会の議決、総会の承認を得ることになっています。